實驗室凈化工程是除了對實驗樣品的安全起到保護的作用之外，也是為實驗成功與實驗人員的安全保駕護航的重大措施之一。實驗室凈化工程是將實驗室某一區域開辟出來，專門用于建造有空氣潔凈等級的、實驗環境要求相對較高的實驗室或者無菌室。實驗室凈化工程系統與傳統的潔凈室系統其實是大同小異的，只不過實驗室對潔凈室內的壓力、微生物控制及溫濕度控制相對較工業潔凈室要嚴格。常見的實驗室凈化工程裝修材料有夾心彩鋼板、鋼化玻璃、防火板等，潔凈實驗室必須按照《潔凈室施工與驗收標準》采用可以較好的密封并且不產塵的材料進行隔斷、吊頂裝修，潔凈實驗室通風系統一般采用組合式空調機組，其送風系統與各業潔凈室工程不同的地方是，不是所有實驗室都可以設置回風系統的，這需要根據用戶實驗室的用途以及實驗產品而定。類似于生物安全類實驗室就不可以做回風系統，或者說要以全排式潔凈室的做法來施工。
實驗室凈化工程等級設計也很關鍵，一般的無菌室實驗室潔凈度等級都是萬級，一般普通實驗室則大范圍十萬級~萬級的布局設計。生物安全實驗室、陽性對照實驗室以及微生物培養實驗室則需按照靜態百級的潔凈室標準進行設計、施工。